商学院工程管理硕士教育中心成立于2004年，是河海大学各院系中最早创设的、专职的工程领域专业学位硕士教育管理机构，主要负责工程管理硕士、国际商务硕士、金融硕士、图书情报硕士的招生、培养、管理及教育研究工作。近年来，中心逐步制定和完善了各项规章制度，主要包括生源组织、教学培养、管理服务、综合评估、教育研究等方面内容，并在工作过程中不断加以完善。中心始终坚持“因需而变”的教育理念，从用人单位、学生以及学校的实际情况出发，将培养方案加以模块化，制定出灵活、科学的培养实施方案，在执行过程中不断修正，并通过多层面的评估体系对教学管理的全过程加以控制和优化。

河海大学商学院院长对学院发展做统筹管理；学院分管研究生副院长对学院的研究生教育负责；专业学位研究生院长助理、MEM中心主任对MEM专业学位项目具体负责；MEM中心执行主任具体执行MEM项目的常规管理。MEM中心学术主任具体负责MEM项目的培养、质量等环节。MEM中心共有10名全职行政人员和2名兼职工作人员，分管招生、教务、培养、毕业、财务等事项。具体的组织结构如下图。